Vpliv časa in temperature shranjevanja na koncentracijo DNK

Avtor:

Manca Črnič, 4.f

Mentorica:

Sonja Artač

Ključne besede:

koncentracija DNK, shranjevanje, temperatura, čas

Povzetek:

Raziskovalno vprašanje naloge je, kako pogoji shranjevanja vzorca DNK vplivajo na koncentracijo shranjene DNK. Preučevani vzorci so biofilmski. Večina mikroorganizmov v vodnih okoljih ima dva načina pojavljanja, prosto v vodnem stolpcu v planktonski obliki in pritrjena v obliki biofilma. Za biofilm je značilna pritrjenost mikroorganizmov na površino ter matrika - polimer, ki ga celice izločajo in jih medsebojno povezuje, ščiti, lahko pa jim tudi omogoča medsebojno komunikacijo. Odvzeti so iz Kamniške Bistrice, Save in Poljanske Sore. Cilj naloge je ugotoviti, kako čas in temperatura shranjevanja vzorca vplivata na koncentracijo DNK. Analizirani vzorci so odvzeti istočasno, nato pa za različno časovno obdobje shranjeni pri različnih temperaturah. Vzorci so bili pred izolacijo shranjeni en mesec pri temperaturi 4 C, nato smo iz polovice izolirali DNK, drugo polovico pa še za tri mesece shranili pri temperaturi -20°C. Za merjenje smo uporabili napravi NanoDrop in Qubit. Shranjevanje DNK v nespremenjeni koncentraciji je izrednega pomena za raziskovanje na številnih različnih področjih. Običajno so vzorci v laboratoriju shranjeni do 5 let, pri temperaturi -20°C . Način shranjevanja vzorcev, ki zagotavlja dolgoročno ohranitev nespremenjene dedne informacije, je pomemben za preučevanje ogroženih in izumrlih vrst, iskanje genetske povezanosti vrst in posameznikov znotraj iste vrste, določanja nagnjenosti k določeni dedni bolezni in v analizah DNK v forenziki. Za te potrebe je potrebno vzorce shranjevati pri nižjih temperaturah (-25°C do -80°C). Glede na trenutno dinamiko potreb po analiziranju vzorcev DNK lahko v prihodnjih letih pričakujemo še številna nova področja, na katerih bo delo s shranjenimi vzorci DNK ena od metod, ki bo omogočala celovit in zanesljiv vpogled v dedni zapis.